Nada más empezar el nivel, dirígete corriendo hacia el final del túnel, matando al cocodrilo-raro extraterrestre. Entra por la puerta y con la ayuda del chupador, trepa hasta arriba del todo, y sube por la alcantarilla.

Aquí tendrás un combate cuerpo a cuerpo con varios hombres de negro, por lo que te recomiendo que te muevas rápidamente y con cuidado. Dentro de la primera caja encontrarás una machinegun y varias balas.

Ahora ve hacia el final y métete por la caja que hay en frente de la torreta. Sal por el agujero al otro lado de la tosca barricada.
Destruye las cajas, recoge todo lo que puedas y entra por el pequeño agujero que hay debajo de la pared de la derecha.

Te encontrarás con dos de tus compañeros, uno de ellos médico.
Diríjete al exterior del edificio y ten cuidado con los francotiradores que hay en las torres.
Una vez hayas asegurado la zona, ve hacia el fondo y gira a la izquierda. Elimina todo lo que se te ponga por delante con cuidado de los explosivos que hay sembrados por toda la base.

Al llegar al edificio del fondo, verás como se están enfrentando el cuerpo negro y los extraterrestres. No intervengas hasta que uno de los dos bandos gane.
Una vez aniquilados los dos bandos, baja por la escalera de la izquierda, llegando a unas cloacas. Prepárate porque esto va a ser muy chungo, porque los tunelitos estos van a estar plagados de voltigores. Haz limpieza general y continúa por los amplios conductos hasta que salgas a una piscina.

Aquí sube rápidamente por la escalera y dirígete hasta el fondo del pasillo, para cerrar la puerta con la palanca. Repite la operación con la del otro lado y entra por el tunel. Ahora tendrás que matar o otros dos bichos tan pesados que te encontraste antes.

Ve avanzando progresivamente entre las cajas; no tiene pérdida. Cuando lleges a la puerta de secure access, entra por ella y vete hacia la derecha.
El siguiente paisaje te sonará familiar: el puente del half en el que tenías que derribar al helicóptero.

Pero ahora lo que tendrás que hacer es, con el chupador y con ayuda de las plantas esas raras, pasar al otro lado del puente. Aquí te entererás de donde demonios salieron las nuevas criaturas que aparecen en el OP. Pero eso es secundario. Ahora lo importante es que tienes que volar el puente y meterte dentro del tubo que lo atraviesa.